Vydūno muziejus atidarytas 1994 metais kaip Šilutės muziejaus padalinys.
1998 metų pradžioje Šilutės rajono savivaldybė įkūrė savarankišką Kintų Vydūno kultūros centrą. Jis pradėjo veikti senojoje Kintų mokykloje, pastatytoje 1705 m.
Joje 1888-1892 m. mokytojavo filosofas, rašytojas Vydūnas.
Vilius Storostas į Kintus atvyko baigęs Ragainės mokytojų seminariją. Čia dvidešimtmetis Vydūnas 1888 m. pradėjo dirbti Kintų pradžios mokykloje trečiuoju mokytoju ir mokytojavo iki 1892 m., mokydamas vaikus lietuvių ir vokiečių kalbų, geografijos, istorijos bei kūno kultūros.
Į Kintus Vydūnas atvyko sirgdamas tais laikais neišgydoma plaučių liga – džiova. Tačiau pasveiko. 1891 m. Kintų bažnyčioje Vydūnas susituokė su jam padedančia šeimininkauti Klara Fülhaz’ė.
Dirbdamas Kintuose, Vydūnas išlaikė aukštesnės kvalifikacijos mokytojo egzaminus ir išvyko dirbti į Tilžėje naujai atidarytą berniukų mokyklą.
Muziejaus rinkinį sudaro eksponatai, pasakojantys apie rašytoją, filosofą Vydūną (1868–1953), jo asmeniniai daiktai, fotografijos, atsiminimai, knygos, jo leisti žurnalai.
Muziejus taip pat kaupia eksponatus, kurie pasakoja apie Kintų, pamario ir Mažosios Lietuvos pagrindinius istorijos etapus.
Vydūno draugija ir Vydūno kultūros centras bendradarbiauja nuo pat jo įsikūrimo. Draugijos nariai – nuolatiniai Vydūno kultūros centro svečiai.